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ACTUALITÉS
Dépistage COVID : les différents tests, recommandations sur le prélèvement naso-pharyngé
Publiée le 01-07-2021
Les différents tests COVID :
Au CHGR, il existe deux manières de dépister le COVID :
  •  le test de dépistage antigénique :  
    • sur prélèvement naso-pharyngé exclusivement
    • réalisé directement dans le service, résultat en 15 minutes 
    • géré par le SMS,
    • des kits sont disponibles à la COL pendant la période de permanence de soins,
    • résultat de type positif / négatif
  • le test de dépistage RT-PCR :
    • principalement sur test naso-paharyngé (meilleure sensibilité du dépistage), et possible sur prélèvement salivaire (sur dérogation, envoyé au CHU nécessairement)
    • réalisé au laboratoire (du CHGR ou de CHU)
    • kits de prélèvement disponibles sur demande au laboratoire
    • résultat de type positif / négatif
NB : le test sérologique permet un diagnostic rétrospectif uniquement car il détecte les anticorps produits a posteriori de l'infection et non le virus directement. Il n'est pas adapté à un dépistage immédiat.

Un test de dépistage positif (antigénique ou RT-PCR) entraine nécessairement la réalisation d'une RT-PCR de criblage ciblant des parties spécifiques du génome du virus, à la recherche de mutations d'intérêt sanitaire (augmentation du risque de transmissibilité, échappement immunitaire, sévérité, ...). Cette technique est réalisée au CHU. Il est souvent nécessaire de réaliser un nouveau prélèvement dans la mesure où le dépistage a été réalisé par test antigénique ou sur un test RT-PCR du CHGR (milieux non compatibles avec la technique du CHU).
Une RT-PCR de criblage détectant des mutations d'intérêt entraine la réalisation d'une RT-PCR de séquençage où l'ensemble du génome du virus est étudié. La RT-PCR de séquençage peut également être réalisée devant des arguments cliniques et épidémiologiques (cluster, infection chez une personne immunisée, ...). Cette technique est réalisée au CHU. Elle est réalisée sur le même prélèvement que la RT-PCR de criblage.


Le prélèvement naso-pharyngé (NP) est LE PRELEVEMENT RECOMMANDE POUR LE DEPISTAGE car il présente la meilleure sensibilité de détection.
La SPILF et la SFORL ont récemment publié des recommandations de bonnes pratiques de réalisation du prélèvement NP que nous souhaitons porter à votre connaissance :
  1. Rechercher des contre-indications au prélèvement NP, à savoir :
    • Maladie ou traitement entrainant des risques importants de saignement
    • Chirurgie récente des fosses nasales
    • Malformation complexe des fosses nasales
  2. La tête du patient doit rester bien droite pour réaliser le prélèvement afin d'orienter plus facilement l'écouvillon
  3. Introduire l'écouvillon en suivant le plancher de la fosse nasale jusqu'à la butée
  4. Effectuer des mouvements de rotation
  5. Retirer l'écouvillon selon le même axe que pour l'introduction


Le prélèvement salivaire est envisageable sur contre-indication ou impossibilité de réaliser le prélèvement NP. Cette option est à discuter avec le biologiste car il présente une moindre sensibilité de dépistage.
Des kits de recueil salivaire sont disponibles au laboratoire. Le prélèvement salivaire est nécessairement analysé au CHU, ce qui sous-entend un délai de rendu du résultat allongé (maximum 24h).
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